Stacja Morska im. Profesora Krzysztofa Skóry wykonuje badania w ramach działalności statutowej Instytutu Oceanografii Uniwersytetu Gdańskiego. Placówka stanowi krajowe centrum badań ssaków morskich, które to są tutaj głównym przedmiotem działalności naukowej. Poza ssakami przedmiotem zainteresowania Stacji jest ichtiofauna Bałtyku i cieków doń uchodzących.

Helska placówka zajmuje się także działaniami związanymi z rozpoznaniem siedlisk rzadkich gatunków i ich ochroną. Badania wykonywane przez pracowników Stacji znajdują odzwierciedlenie w licznych publikacjach naukowych.